Edycja genomu

Cztery różne programy edycji człowieka: badanie komórek, badanie zarodka bez transferu, terapia somatyczna i zmiana dziedziczna — z mozaikowością, pełnym zakresem produktów, ograniczeniami biopsji, alternatywami, prawem i testem gotowości.

Od replikonu, markera i fizycznej partii DNA przez promotor, UTR, ORF, 2A/IRES i terminację po konstrukty Cas/guide, donory, plazmidy transferowe, stabilność oraz pełną kwalifikację.

Od naturalnej odporności bakterii przez PAM, R-loop, domeny HNH i RuvC oraz pęknięcie DNA po rozkład alleli, on-target, off-target, multiplexing, kontrole, skriny i kwalifikację produktu edytowanego.

Jak komórka zamienia pęknięcie wywołane przez edytor w konkretny allel. Artykuł porównuje c-NHEJ, TMEJ/MMEJ, SSA i HDR oraz pokazuje duże delecje, LOH, translokacje, utratę chromosomu i metody pełnej walidacji.

Mechanizmy CBE, ABE i prime editing: okno deaminacji, bystanders, pełne haplotypy, DNA/RNA off-target, pegRNA, flapy, mismatch repair, PE2/PE3, twinPE, dostarczanie i kwalifikacja produktu.

Cztery różne perturbacje przez DNA, TSS, izoformy, dawkę i czas: frameshift escape, pełny knock-in, CRISPRi/a, conditional alleles, degrony, rescue, screens oraz dowód DNA–RNA–białko–fenotyp.

Centralny workflow projektu: hipoteza, wersjonowana referencja, karta oczekiwanego allelu, produkty alternatywne, wybór edytora i dostarczenia, mianowniki, kontrola, walidacja on/off-target oraz bramki go/no-go.

Droga DNA, RNA, RNP i donora przez błonę, endosom lub cząstkę wirusową do aktywności: elektroporacja, odzysk, MOI, titer, VCN, odpowiedź wrodzona, współdostarczenie, skalowanie i użyteczny zysk komórek.

Porównanie lenti- i gammaretrowirusów, AAV, adenowirusa, Sendai, LNP, polimerów, vesicles i VLP przez pojemność, tropizm, integrację, VCN, pełność genomu, odporność, redosing, potency i CMC.

Od limiting dilution, sortowania i dowodu pojedynczego założyciela przez kaskadę screeningu, pełny genotyp, tożsamość, czystość, integralność genomową i funkcję po stabilność oraz bankowanie linii.

Trzy mapy bezpieczeństwa edycji: pełne produkty on-target, nominacja i pomiar off-target oraz integralność chromosomowa obejmująca duże delecje, LOH, translokacje, aneuploidię i chromothripsis.

Dwie architektury produktu: kontrolowany i zwalniany produkt komórkowy ex vivo oraz nośnik tworzący edycję in vivo, z pobraniem, użytecznym zyskiem, conditioning, engraftment, biodistribution, dawką, odpornością i monitoringiem.

Od naturalnej chemii A-to-I przez RESTORE, LEAPER, CLUSTER, dCas13–ADAR, REPAIR i RESCUE po Cas13 knockdown, pełne haplotypy RNA, bystanders, izoformy, collateral cleavage, innate response i przejściowość.

Od dCas9 occupancy przez DNMT3A, TET1, p300, HDAC i KRAB po CRISPRoff/on, hit-and-run i pamięć: lokalne znaki, spreading, globalna aktywność efektora, single-cell, washout, reversal i dowód funkcji.