Przygotowanie próbek i sekwencjonowanie

Pipeta jako pełny układ pomiarowy: mechanizm, końcówka, ciecz, technika i warunki; dobór zakresu, walidacja grawimetryczna, niepewność, kontaminacja, ergonomia i diagnostyka błędów.

RCF, promień, k-factor, acceleration, brake i temperatura jako pełny proces; rotory i tryby separacji, zgodność naczyń, walidacja odzysku, balans masą, zmęczenie, sealed cups, reakcja na pęknięcie oraz kwalifikacja prędkości, timera i chłodzenia.

Praktyczne porównanie klasycznego termocyklera, qPCR i ddPCR: blok i pokrywa, gradient, kinetyka fluorescencji, Cq, wydajność i krzywa standardowa, topnienie, optyka i kalibracja barwników, partycjonowanie, statystyka Poissona, rain, LOD/LLOQ, kontrole oraz MIQE 2.0 i dMIQE2020.

Praktyczny przewodnik po elektroforezie DNA: od agarozy, PAGE, buforów, drabinek, barwników i dokumentacji obrazu po CE-LIF, standard długości, elektroferogram STR, artefakty, progi, kontrole i granice interpretacji.

Praktyczne porównanie spektrofotometru, fluorometru i czytnika mikropłytek: Beer–Lambert, A260, testy barwnikowe, geometria płytki, nasycenie i kinetyka oraz pełna kalibracja od standardu zewnętrznego i wewnętrznego po dodatek wzorca, odzysk, QC i kwalifikację aparatu.

Robot pipetujący jako układ mechanizm–liquid class–tip–ciecz–labware–program: aspiracja i dozowanie, LLD, mixing, dead volume, gravimetry/fotometry, accuracy, precision, carryover, wersjonowanie, IQ/OQ/PQ i wynik downstream.

Rotor–stator, Dounce, bead beating i sonikacja jako różne mechanizmy: geometria, delivered power, energia na objętość, kawitacja, temperatura, piana, aerosol, hałas, carryover, liza i fragmentacja, odzysk aktywności, IQ/OQ/PQ i skalowanie.

Jednopozycyjny sekwenator nanoporowy jako cały system pracy: czytnik i flow cell, HMW DNA/RNA, biblioteka, loading, monitoring, teren, MinION Mk1D, zastosowania, carryover, troubleshooting i kryteria wystarczalności.

Kilka niezależnych MinION Flow Cells jako wspólny system: GridION, kolejki i role, per-slot QC, wspólne punkty awarii, carryover, centralne dane oraz Q-Line i kontrolowany cykl zmian.

PromethION Flow Cells i skala P2/P24 od użytecznego yield przez HMW DNA, partie, randomizację i QC po genomy człowieka, duże genomy, SV, metylację, kohorty, metagenomikę i RNA.